解:(1)∵四邊形MNPQ是△ABC中一個內接矩形,
∴MN∥BC,MQ⊥BC,
∵AD⊥BC,
∴四邊形MQDE是矩形,
∴MQ=DE,
∴△AMN∽△ABC,
∴

,
∵△ABC的高AD=4,BC=8,MN=x,MQ=y,
∴

,
解得:y=4-

x;
(2)∵由(1),可得MN=x,
∴MQ=4-

x,
∴y=S
矩形MNPQ=MN•MQ=x(4-

x)=-

(x-4)
2+8,
∵-

<0,
∴當MN為4時,矩形MNPQ面積y有最大值,最大值為8.
分析:(1)由四邊形MNPQ是△ABC中任意一個內接矩形,易證得△AMN∽△ABC,然后由相似三角形對應高的比等于相似比,即可求得y關于x的函數解析式;
(2)由(1),可求得MQ的值,然后由矩形的面積公式,即可求得y關于x的函數關系式,然后由二次函數的最值問題,求得當MN為多大時,矩形MNPQ面積y有最大值,最大值為多少.
點評:此題考查了相似三角形的判定與性質、矩形的性質以及二次函數的性質.此題難度較大,注意掌握數形結合思想與方程思想的應用.