分析：根據特殊四邊形的性質和判定方法進行分析判斷．
菱形的對角線互相垂直平分，矩形的對角線互相平分且相等；有三個角是直角的四邊形是矩形，既是矩形也是菱形的四邊形是正方形．
解答：解：A、有一個角是直角的平行四邊形是矩形，既是矩形，也是菱形，則是正方形．所以有一個角是直角的菱形是正方形正確；
B、三個角都是直角的四邊形是矩形，而三個角相等的四邊形不一定是矩形．故錯誤；
C、根據矩形的性質，知矩形的對角線互相平分且相等．故正確；
D、根據菱形的性質，知菱形的對角線互相垂直平分．故正確．
故選B．
點評：此題考查了特殊四邊形的性質和判定．
