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分析:根據直角三角形的兩銳角互余的性質求出∠ECF=∠B,然后利用“角邊角”證明△ABC和△FEC全等,根據全等三角形對應邊相等可得AC=EF,再根據AE=AC-CE,代入數據計算即可得解.
解答:∵∠ACB=90°,
∴∠ECF+∠BCD=90°,
∵CD⊥AB,
∴∠BCD+∠B=90°,
∴∠ECF=∠B,
在△ABC和△FEC中,

,
∴△ABC≌△FEC(ASA),
∴AC=EF,
∵AE=AC-CE,BC=2cm,EF=5cm,
∴AE=5-2=3cm.
故答案為:3.
點評:本題考查了全等三角形的判定與性質,根據直角三角形的性質證明得到∠ECF=∠B是解題的關鍵.