解:(1)依題意得BE=3t,AF=2t,當C,E,F三點共線時,
∵AF∥BC
∴△AEF∽△BEF
∴

=

即:

=

;解得t
2-6t+8=0,t
1=2,t
2=4
∴當t=2或4秒時,C、E、F三點共線.
(2)當0≤t<

時,S=

(2t+12)×4-

(4-3t)×2t=3t
2+24;
當

≤t≤4時,S=

(2t+12)×4+12(3t-4)×2t=3t
2+24
故當t=4時,S最大為72,此時BE=3t=12,tan∠BEF=

=1.
(3)當E點在線段AB上時,BE=EF,
在Rt△AEF中,AE
2+AF
2=EF
2,
即(4-3t)
2+(2t)
2=(3t)
2,解得t
1=3-

,t
2=3+

(舍去);
當E點在線段AB以外時,
若BE=BF,則BE
2=BF
2,即(3t)
2=4
2+(2t)
2,解得:t=±

(舍去負值);
若BE=EF,則BE
2=EF
2,即(3t)
2=(3t-4)
2+(2t)
2,解得t
1=3-

(舍去),t
2=3+

;
若BF=EF時,AB=AE,即4=3t-4,解得t=

,
∴t=3-

,

,3+

,

秒時,以B、E、F為頂點的三角形是等腰三角形.
分析:(1)當C,E,F三點共線時,△EAF∽△EBC,用t表示相關線段的長,用相似比求t;
(2)分兩種情況,即:點E在線段AB上,點E在線段AB外;根據圖形,分別表示面積及t的范圍;
(3)以B、E、F為頂點的三角形是等腰三角形,有三種可能,即BE=BF,BE=EF,BF=EF,根據圖形特點,結合勾股定理進行計算.
點評:本題考查了相似三角形的實際應用,列分段函數的方法,尋找等腰三角形的條件等知識,充分運用了勾股定理的計算功能.