解:(1)四邊形EFGH是矩形.理由如下:
∵點E從點A,點F從點C同時出發,沿對角線以1厘米/秒的相同速度運動,
∴AE=CF.
∵EH⊥AC,FG⊥AC,
∴EH∥FG.
∵ABCD為正方形,
∴AD=DC,∠D=90°,∠GCF=∠HAE=45°,
又∵EH⊥AC,FG⊥AC,
∴∠CGF=∠AHE=45°,
∴∠GCF=∠CGF,∠HAE=∠AHE,
∴AE=EH,CF=FG,∴EH=FG,
∴四邊形EFGH是平行四邊形,
又∵EH⊥AC
∴平行四邊形EFGH是矩形;

(2)∵正方形邊長為

,∴AC=16.
∵AE=x,連接BD交AC于O,則BO⊥AC且BO=8,
∴S
2=

•AE•BO=4x.
∵CF=GF=AE=x,∴EF=16-2x,
∴S
1=EF•GF=x(16-2x).
當S
1=S
2時,x(16-2x)=4x,
解得x
1=0(舍去),x
2=6.
∴當x=6時,S
1=S
2;

(3)①當0≤x<8時,y=x(16-2x)+4x=-2x
2+20x.
②當8≤x≤16時,AE=x,CE=HE=16-x,EF=16-2(16-x)=2x-16.
∴S
1=(16-x)(2x-16).
∴y=(16-x)(2x-16)+4x=-2x
2+52x-256.
綜上,可知y=

.
分析:(1)首先根據動點E、F的運動速度與運動時間均相同得出AE=CF,再由正方形的性質及已知EH⊥AC,FG⊥AC得出△CGF與△AHE都是等腰直角三角形,然后根據有一個角是直角的平行四邊形是矩形得出結論;
(2)首先由勾股定理求出正方形ABCD的對角線長為16.再連接BD交AC于O,則BO=8.然后用含x的代數式分別表示S
1,S
2,當S
1=S
2時得出關于x的方程,解方程即可;
(3)因為當x=8時,點E與點F重合,此時S
1=0,y=S
2.故應分0≤x<8與8≤x≤16兩種情況討論.
點評:本題主要考查了正方形的性質,矩形的判定與性質,勾股定理等知識,綜合性較強,難度中等.