分析：根據分子和原子的有關知識解答．分子是保持物質化學性質的最小微粒，原子是化學變化中的最小微粒；
解答：解：A、原子是由原子核和核外電子構成，原子核是由質子和中子構成的．故A錯誤；
B、水是由水分子構成的，由分子構成的物質，其化學性質是由分子來保持的．故B錯誤；
C、分子的質量比構成它的原子的質量大，而不同種分子和原子無法比較大小，故C錯誤；
D、構成物質的微粒有分子、原子和離子，故D說法正確．
故選D．
點評：注意分子和原子都是構成物質的微粒，其基本性質是相同的，不同種分子和原子不能比較大小．
