分析：根據金屬和大多數固態非金屬單質等由原子構成，有些物質是由分子構成的，如水、氣態非金屬單質等，有些物質是由離子構成的，如氯化鈉，進行分析判斷即可．
解答：解：A、水是由水分子構成的；氫氣屬于氣態非金屬單質，是由氫分子構成的；故選項正確．
B、鐵屬于金屬單質，是由鐵原子直接構成的；氧氣屬于氣態非金屬單質，是由氧分子構成的；故選項錯誤．
C、二氧化碳是由二氧化碳分子構成的；銅屬于金屬單質，是由銅原子直接構成的；故選項錯誤．
D、氦氣屬于稀有氣體非單質，是由氦原子直接構成的；水銀是金屬汞的俗稱，是由汞原子直接構成的；故選項錯誤．
故選A．
點評：本題難度不大，主要考查了構成物質的微觀粒子方面的知識，掌握常見物質的粒子構成是正確解答本題的關鍵．
