分析：A、水由水分子構成、氫氣由氫氣分子構成；
B、鐵由鐵原子直接構成、氧氣由氧氣分子構成；
C、氯化鈉由鈉離子和氯離子構成、銅直接由原子構成；
D、氯化鈉由鈉離子和氯離子構成、水由水分子構成．
解答：解：A、水、氫氣，這兩種物質都是由分子構成的，故A正確；
B、鐵由鐵原子直接構成、氧氣由氧氣分子構成，則“鐵、氧氣”不都是由分子構成的，故B錯誤；
C、“氯化鈉、銅”不是由分子構成的，前者由離子構成，后者由原子構成，故C錯誤；
D、“氯化鈉、水”不都是由分子構成的，前者由離子構成，故D錯誤．
故選A．
點評：了解分子、原子、離子、元素與物質之間的關系；了解物質的組成和物質的構成．
