分析：根據金屬和大多數固態非金屬單質等由原子構成，有些物質是由分子構成的，如水、氣態非金屬單質等，有些物質是由離子構成的，如氯化鈉，進行分析判斷即可．
解答：解：A、銅屬于金屬單質，是由銅原子直接構成的；氯化鈉（食鹽）是由鈉離子和氯離子構成的；故選項錯誤．
B、氧氣屬于氣態非金屬單質，是由氧分子構成的；金剛石屬于固態非金屬單質，是由碳原子直接構成的；故選項錯誤．
C、水是由水分子構成的；二氧化碳是由二氧化碳分子構成的；故選項正確．
D、氫氣屬于氣態非金屬單質，是由氫分子構成的；氦氣屬于稀有氣體單質，是由氦原子直接構成的；故選項錯誤．
故選C．
點評：本題難度不大，主要考查了構成物質的微觀粒子方面的知識，掌握常見物質的粒子構成是正確解答本題的關鍵．
