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解答：解：A、分子是由原子構成，但是原子的體積不一定比分子小，故A錯誤；
B、分子、原子都可以保持物質的化學性質，故B錯誤；
C、原子不是最小的微粒，它由質子、中子和電子構成，這三種微粒又是由更小的微粒夸克構成，但是夸克也不一定是最小的微粒，故C錯誤；
D、化學反應中，分子可以再分，而原子不能再分，所以原子是化學反應中最小的微粒，故D正確．
故選：D．

點評：本題難度不大，分子和原子的本質區別是分子在化學變化中的可分性，在化學變化中分子能夠再分，而原子不能再分．