分析：根據分子動理論、人類對宇宙的認識、原子結構等知識的掌握分析答題．
解答：解：A、宇宙是由物質組成的，宇宙中有很多的星系，星系中又有很多星體，宇宙是一個有層次的天體結構系，故A正確；
B、原子是由原子核和核外電子組成的，電子繞核運轉，故B正確；
C、電子的發現使人們認識到原子是可以再分的，原子由居于原子中心的原子核與核外電子組成，電子的發現揭示了原子是有結構的，故C正確；
D、在原子內部，原子核由質子和中子組成，質子帶正電，中子不帶電，故D錯誤．
故選D．
點評：本題難度不大，是一道基礎題，解答本題的關鍵是了解宇宙的知識和分子動理論的知識．
