解:(1)經過t秒時,BQ=t,OP=2t,則CQ=3-t,AP=4-2t,
∵A(4,0〕,C(0,4〕.
∴AO=CO,
∵∠AOC=90°,
∴∠OAC=∠OCA=45°,
∵CB∥AO,
∴∠BCA=∠OAC=45°,

∴QE=CQ=3-t,
∴DE=1+t,
∴S
△APE=

AP×DE=

(4-2t)(1+t)=-t
2+t+2(0≤t≤2).
∴S=-t
2+t+2(0≤t≤2);
(2)S=-t
2+t+2,
=-

+

,
∵0≤t≤2,
∴當t=

時,S的值最大.
(3)存在,
若∠AEP=90°,則DE是等腰直角三角形APE底邊AP上的高,
∴DE=AD=

AP,
∴1+t=

(4-2t),
解得:t=

,
∴P的坐標是(1,0);
若∠APE=90°,則此時PE與DE重合,
∴PE=DE=PA,
1+t=4-2t,
t=1,
∴P的坐標是(2,0),
綜上所述P的坐標為(1,0)或(2,0).
分析:(1)求出BQ、OP、CQ、AP的值,求出DE的值,根據三角形的面積公式求出即可;
(2)把二次函數的解析式化成頂點式,即可求出答案;
(3)若∠AEP=90°,根據DE=AD=

AP,代入求出即可;若∠APE=90°,根據PE=DE=PA,代入求出t即可.
點評:本題考查了對二次函數的最值,直角梯形,直角三角形的性質,三角形的面積等知識點的應用,解此題的關鍵是求出S與t的函數關系式和能否求出符合條件的t的值,用的數學思想是分類討論思想,通過做此題培養了學生分析問題和解決問題的能力,同時也培養了學生的計算能力.