A、化石是指保存在巖層中地質歷史時期的古生物遺物和生活遺跡．在漫長的地質年代里，地球上曾經生活過無數的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時遺留下來的痕跡，許多被當時的泥沙掩埋起來．在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質分解殆盡，堅硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周圍的沉積物一起經過石化變成了石頭，因此，生物化石大部分是由生物體的堅硬部分形成的．故不符合題意；
B、化石是指保存在巖層中地質歷史時期的古生物遺物和生活遺跡．故不符合題意；
C、化石是研究生物進化最重要的、比較全面的證據，化石是由古代生物的遺體、遺物或生活痕跡等，由于某種原因被埋藏在地層中，經過漫長的年代和復雜的變化而形成的．并不是生物的遺體、遺物或生活痕跡就叫化石，研究發現，不同的地層中埋藏著不同類型的生物化石：埋藏于較淺地層中的化石與現代生物結構比較相似，埋藏于較深地層中的化石與現代生物結構差別較大，并且越是古老的地層中發掘的生物化石結構越簡單、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地層中發掘的生物化石結構越復雜、高等，陸生生物化石越多．化石在地層中出現的先后順序，說明了生物的進化歷程和進化趨勢：由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，因此化石是研究進化的主要證據．故不符合題意；
D、化石在地層中出現的順序，是人們研究生物進化的一個重要的方面，不同生物化石的出現和地層的形成，有著平行的關系，也就是說，在越古老的地層中，挖掘出的化石所代表的生物，結構越簡單，分類地位越低等，水生生物的化石也越多，在距今越近的地層中，挖掘出的化石所代表的生物，結構越復雜，分類地位越高等，陸生生物的化石也越多．這種現象說明了生物是由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，另外，科學家還發現在最古老的地層中是沒有化石的，說明地球上最初是沒有生命的．因此在越晚近的地層中成為化石的生物越復雜，越高等．故符合題意．
故選D
