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分析：生物進化的證據有化石證據、比較解剖學上的證據、胚胎學上的證據等，化石是指保存在巖層中地質歷史時期的古生物遺物和生活遺跡．在漫長的地質年代里，地球上曾經生活過無數的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時遺留下來的痕跡，許多被當時的泥沙掩埋起來．在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質分解殆盡，堅硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周圍的沉積物一起經過石化變成了石頭，但是他們原來的形態、結構（甚至一些細微的內部構造）依然保留著．同樣，哪些生物生活時留下來的痕跡也可以這樣保留下來．我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱為化石．
解答：化石是保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡．直接說明了古生物的結構或生活習性．因此化石是研究生物進化最重要的、最直接的證據．化石在地層中出現的先后順序，說明了生物是由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，始祖鳥化石說明了鳥類是由古代的爬行動物進化來的等．故研究生物進化最直接、最主要的證據是化石．
故選：A．
點評：理解化石的形成和分布規律是解答的關鍵．
如圖所示某地三個巖層A、B、C中均發現了許多生物化石．