分析：分子、原子都是構成物質的粒子，它們的質量都很小，分子在化學變化中可以分成原子，而原子不能再分；分子與原子的本質區別是在化學變化中是否可分，進行分析判斷．
解答：解：分子、原子都是構成物質的粒子，在化學變化中，分子變為原子，原子再重新結合，故它們的根本區別是在化學變化中，分子可分，原子不可分．
A、分子與原子的根本區別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；而不是分子大，原子小，且分子不一定比原子大，故選項錯誤．
B、分子與原子的根本區別是在化學變化中，分子可分，原子不可分，故選項正確．
C、分子與原子的根本區別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；分子、間、原子間均存在間隔，故選項錯誤．
D、分子與原子的根本區別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；分子、原子均是在不停運動的，故選項錯誤．
故選B．
點評：本題是對分子與原子本質區別的考查，能加深對分子、原子的理解，抓住化學變化中是否可分是解題的關鍵．
