C
分析：A、根據原子的構成考慮；B、根據分子的特點考慮；C、根據氫氣在氧氣中完全燃燒后的生成物考慮；D、根據離子的定義考慮．
解答：A、原子是由原子核和核外電子構成，故A錯；
B、分子是保持物質化學性質的最小微粒，故B錯；
C、純凈的氫氣在氧氣中完全燃燒后，生成水，水是由水分子一種分子構成，故C正確；
D、離子是帶電的原子或原子團，原子失去電子或得到電子都可以成為離子，故D錯．
故選C．
點評：解答本題關鍵是要知道分子、原子、離子的特點，分子是保持物質化學性質的最小微粒，原子是化學變化中的最小粒子．
