A
分析：純凈物是由一種物質組成的物質，混合物是由多種物質組成的物質；在化學變化中，分子可分，原子不可分；元素是具有相同的核電荷數的一類原子的總稱；分子、原子、離子是構成物質的基本微粒．
解答：A、純凈物不一定由同種元素組成，例如水是由兩種元素組成的，屬于純凈物；混合物不一定由不同種元素組成，例如金剛石和石墨組成的混合物中含有一種元素--碳元素．錯誤；
B、化學反應的過程，會發生原子的重新組合．正確；
C、磷元素和硅元素的本質區別是它們原子核內的質子數不同．正確；
D、金剛石、干冰、碳酸鈣三種固體物質分別由原子、分子、離子構成．正確．
故選A．
點評：解答本題要掌握物質的分類方法、元素的含義、構成物質的微觀粒子等方面的內容，只有這樣才能對相關方面的問題做出正確的判斷．
