分析：根據金屬和大多數固態非金屬單質、稀有氣體單質等由原子構成，有些物質是由分子構成的，如氣態非金屬單質等，進行分析判斷即可．
解答：解：A、硅屬于固態非金屬單質，是由硅原子直接構成的，故選項錯誤．
B、鎂屬于金屬單質，是由鎂原子直接構成的，故選項錯誤．
C、氮分子能直接構成氮氣，氮氣屬于單質；氮分子能直接構成單質，故選項錯誤．
D、氧原子能構成氧分子，氧分子大量聚集成氧氣；氧原子不能直接構成物質，故選項正確．
故選D．
點評：本題難度不大，主要考查了構成物質的微觀粒子方面的知識，掌握常見物質的粒子構成是正確解答本題的關鍵．
