分析：分子和原子都是構成物質的微觀粒子，它們的最大區別是在化學變化中分子可以再分，而原子不能再分．
解答：解：A、分子和原子都能直接構成物質，故A錯誤；
B、分子在化學變化中發生改變，而原子不變，即能否在化學反應中發生種類的變化是二者的根本區別，此項正確；
C、分子和原子都能構成單質，此項錯誤；
D、由分子構成的物質，分子保持物質的化學性質，由原子直接構成的物質，原子保持物質的化學性質，故此項不是分子和原子的根本區別，此項錯誤．
故選B
點評：本題主要考查了分子和原子的本質區別，培養學生抓住問題的本質能力．
