分析：A、根據化學變化的實質分析；
B、根據分子、原子、離子是構成物質的基本粒子進行解答；
C、根據分子、原子的構成分析；
D、根據水是由水分子構成的進行解答．
解答：解：A、在化學變化中，分子可以分成原子，而原子不能再分，此項正確；
B、構成物質的三種微粒是：分子、原子和離子，此項正確．
C、由分子構成的物質其物質的化學性質是由分子保持的，由原子構成的物質其化學性質是由原子保持的，此項正確．
D、水是由水分子構成的，而水分子是由氫原子和氧原子構成，而不能說水這種物質是由氫、氧兩種原子直接構成，此項錯誤．
故選D．
點評：通過分子、原子、離子、元素與物質之間的關系和分子、原子的構成處理問題，了解原子和離子的轉化方式．
