分析:A、根據決定元素的種類的是質子數或核電荷數進行解答;
B、根據具有相同核電荷數的同一類原子屬于同種元素進行解答;
C、根據純凈物是由一種物質組成進行解答;
D、根據元素的化學性質取決于最外層電子數進行解答.
解答:解:A、決定元素的種類的是質子數或核電荷數,所以不同種原子的本質區別是質子數不同,故A正確;
B、具有相同核電荷數的同一類原子屬于同種元素,而不是指微粒,例如水分子和氨分子具有相同核電荷數,但不屬于同種元素,故B錯誤;
C、純凈物是由一種物質組成,所以由同種分子構成的是純凈物,故C正確;
D、元素的化學性質取決于最外層電子數,故D正確.
故選:B.
點評:此題考查了有關原子、元素的基本概念基本理論問題,涉及知識面較廣,能考查學生基礎知識的掌握能力.